Program Studi (PS) S1 Biologi merupakan salah satu program studi pada Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga sebagaimana tercantum dalam Surat Persetujuan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 05/MPN/HK/1004 tanggal 23 Januari 2004 kepada Menteri Agama. SK Presiden No. 50 Tahun 2004 pasal 2 ayat 2 yang menyatakan bahwa UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta secara teknis akademis bidang ilmu umum dibina oleh Menteri Pendidikan Nasional cq. Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi dan secara teknis fungsional dibina oleh Menteri Agama cq. Direktur Jenderal Pendidikan Islam. Dengan demikian, secara administratif PS Biologi berada di bawah pengawasan Kementerian Agama, tetapi secara akademik PS Biologi berada di bawah pembinaan Kementerian Pendidikan Nasional.