Profil lulusan adalah peran yang diharapkan dapat dilakukan oleh lulusan program studi di masyarakat. Profil ini berisikan bidang kerja yang akan dilalui oleh lulusan pasca kampus.  Penetapan profil lulsan program studi diawali dengan pertanyaan “akan menjadi apa setelah lulus dari program studi/perguruan tinggi?”.

Profil lulusan program studi dirumuskan dengan peran-peran profesional dan serangkaian kompetensi (learning outcomes) yang harus dimiliki lulusan untuk menjalankan peran tersebut secara professional, akuntabel, dan berakhlak mualia, memiliki pengetahuan, keterampilan, kemandirian, dan sikap untuk menemukan, mengembangkan, serta menerapkan ilmu, teknologi, dan seni yang bermanfaat bagi kemanusiaan (PP No. 19 Tahun 2005 pasal 26 ayat 4). Berdasarkan kajian yang dilakukan, program studi menetapkan profil lulusan Progran Studi Biologi terdiri dari 3 profil, yaitu 1) Ilmuwan; 2) Profesional; dan 3) Enterprenuer.

Gelar dari lulusan program studi Biologi UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta adalah S.Si (Sarjana Sains)