Laboratorium Ekologi difungsikan untuk melakukan kegiatan praktikum, penelitian dan pengembangan bidang ekologi yaitu mencakup ekologi terrestrial (daratan), ekologi perairan (air tawar, air payau dan air asin), masalah-masalah lingkungan serta konservasi. Kegiatan pada laboratorium ini tidak terlepas dari peran laboratorium lapangan. Adapun kegiatan-kegiatan yang dapat dilakukan pada laboratorium ekologi diantaranya :
- Inventarisasi tumbuhan dan hewan dalam ekosistem terrestrial serta perairan (air tawar, payau dan asin) di wilayah Yogyakarta
- Eksplorasi dan pengelolaan sumber daya hayati darat, pesisir dan laut serta potensi dalam perubahan lingkungan.
- Analisis kualitas parameter lingkungan berupa air, tanah, dan udara
- Menganalisis kerusakan dan pencemaran lingkungan, dampak dan upaya rehabilitasinya.
- Kajian perilaku dan aktivitas satwa di habitatnya
Peralatan yang terdapat pada laboratorium ekologi adalah alat pengukuran parameter lingkungan (fisika-kimia) di terresterial (daratan) maupun akuatik (perairan) serta alat penunjang untuk pengambilan sampel. Selain itu, juga terdapat sarana kerja untuk penunjang analisis data. Alat-alat ekologi diantaranya: Thermometer, Thermohygrometer, Soil Tester, Anemometer, Barometer, Altimeter, Lux Meter, Hagameter, Secchi Disk, Refraktometer, Turbidimeter, Papan Berskala, Conduktivity meter, DO Meter, Ekman Grab, Jala Surber, Ayakan Mesh Bertingkat, Garmin Maps GPS, Handycam, Hanna Instrument, Kamera underwater, Floating Dredge, Herbarium Kit, Jaring Plankton, Plot Pipa, Meteran, Botol Sampel, Insect Net, Kaca Pembesar, Kompas dan lain sebagainya.
Adapun mata kuliah praktikum yang terdapat di unit Laboratorium Ekologi adalah sebagai berikut: Ekologi dasar, Ekologi perairan, Ekologi Terestrial, Ekologi hewan, Akuakultur, Biologi Konservasi, dan Etnobiologi