Dalam rangka merdeka belajar dibutuhkan kerjasama yang dilakukan oleh perguruan tinggi untuk memfasilitasi mahasiswa dalam meningkatkan kualitas belajarnya. Program studi biologi UIN Sunan Kalijaga memperluas jaringan kerjasama dalam bidang penelitian, pendidikan dan pengabdian masyarakat dengan beberapa Perguruan tinggi, salah satunya adalah Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman (UNSOED). Pelaksanaan Perjanjian Kerjasama antara Prodi Biologi UIN Sunan Kalijaga dengan Fakultas Biologi UNSOED dilaksanakan pada tanggal 3 November 2020 di Ruang rapat Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sunan Kalijaga. Peserta kegiatan dihadiri oleh dekan dan wadek FST UIN Sunan Kalijaga, kaprodi biologi serta perwakilan dosen biologi, sedangkan peserta dari UNSOED terdiri dari dekan, wadek dan perwakilan tim kerjasama. Kegiatan penandatangan akta kerjasama berjalan dengan baik dan lancar, pendatanganan akta kerjasama diwakili oleh dekan FST UINSunan Kalijaga ibu Dr. Hj. Khurul Wardati, M.Si dan Dekan F. Biologi UNSOED Prof. Dr. rer. nat Imam Widhiono M.Z. M.S. Perjanjian kerjasama menghasilkan kesepakatan untuk melakukan pertukaran dosen sebagai reviewer jurnal atau dosen tamu, sedangkan untuk mahasiswa dapat bertukar jurnal di jurnal Bioesakta UNSOED. Secara umum kegiatan kerjasama antara Biologi UIN Sunan Kalijaga dan Fakultas Biologi UNSOED menghasilkan kesepakatan tentang pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat